Plusieurs version est donné pour l' Origine du nom de l'archipel:
- Généralement, On dit que ce sont les arabes qui sont la base de ce nom. Ils furent éblouis par la beauté du pays et l' ont désigné « Djuzr L'Kamar » ce qui s'ignifie « îles de la lune ». Cette version est la plus répandue et adhérée.
- D' autres font référence au volcan Le Karthalan, en affirmant que comores vient de « Komoro » qui veut dire: « là, du feu ! ». Le Karthalan est considéré comme le plus grand cratére au monde, il se situe sur la Grande Comores.
- Pour certains, Cela viendrait d'une exclamation qu' a eut un membre de l'équipe qui a découvert l' Archipel : A la vue d'un Rocher qui brillait de mille et une couleur, il cria « Comme or ! ». Cela fut démenti par l'histoire car les découvreurs de l' Archipel ne sont pas les français.
- Enfin, une petite partie croit à cette version où il est dit que c'est les premiers arrivant qui furent telment étonnés par la tranquillité des lieux qu'ils ont comparé les lieux : Comme mort !
L'histoire du peuplement est souvent mal connue.
Les Comores ont d'abord été peuplées par des populations métissées d'Africains et d'Indonésiens ; ces derniers ont introduit la pirogue à balancier, la riziculture de brûlis et développé la culture du cocotier et de la banane plantain.
Le fond de peuplement est cependant constitué de Bantous, assujettis et islamisés par des minorités arabes venues, du Xe siècle au XVIe siècle, du sud de l'Arabie et de Zanzibar. Ces « nobles » créèrent de petites villes côtières; des esclaves cultivaient leurs domaines, alors qu'une partie des premiers occupants se réfugiait dans les Hauts. Unifié à Anjouan et à Mohéli, le pouvoir était, à la Grande Comore, morcelé entre douze sultanats sans cesse en conflit.
Au XVIe siècle, les Portugais prirent temporairement le contrôle des Comores. Au XVIIe siècle, les navigateurs européens, en route vers les Indes, prirent l'habitude de faire escale aux Comores. Au XIXe siècle, des Malgaches s'établirent à Mohéli.
L' Islam aux Comores
Elle apparut au IV siècle avec l' arrivé des marchants du Moyen Orient (Arabo-persane de Chiraz). Les Chirazis Originaires de la côte Swahili, deviennent les faoumés de villages et influences progressivement la communauté à l' islam. C'est au XII siècle que 99% des Comores furent enfin musulmans. La plus ancienne Mosqué se situe à Anjouan, il date du XII siècle.